Hallitus koostuu Aivosäätiön rahastojen edustajista ja alan asiantuntijoista. Hallitus vastaa säätiön toiminnasta, edustaa säätiötä ja käyttää päätäntävaltaa.

Juha Tuominen,  Sisätautien erikoislääkäri,  Hallituksen puheenjohtaja

Sanna Aunesluoma,  Hyvinvointiala Hali ry,  Toimitusjohtaja

Maria Arvio,  Kehitysvammalääketieteen professori,  varapuheenjohtaja

Valtuuskunta valitsee säätiön hallituksen ja tarjoaa sille näkemyksiä ja suosituksia säätiön tavoitteiden toteuttamiseksi.

Jaakko Kiander,  Toimitusjohtaja, Keva,  puheenjohtaja

Olli Holmström,  Varapuheenjohtaja, Diakonissalaitoksen toimitusjohtaja, 

Erillisrahastojen hoitokunnat arvioivat oman alansa apurahahakemukset ja tekevät esityksen säätiön hallitukselle, joka päättää apurahojen jakamisesta.

Asiantuntijaryhmä arvioi Aivosäätiön yleisrahaston apurahahakemukset, ja tarjoaa ohjeita ja näkemyksiä säätiön apurahaprosessin ja muun toiminnan edistämiseksi.